湖州目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源及污泥水解上清液等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。
甲醇作为外碳源具有运行费用低和污泥产量小的优势，在甲醇碳源不足时，存在亚硝酸盐积累的现象。以甲醇为碳源时的反硝化速率比以葡萄糖为碳源时快3倍，其 碳氮比（COD：氨氮）为 2.8～3.2 。
但甲醇作为外加碳源时，有以下3点问题需关注：
甲醇易燃，为甲类危化品，储存和使用均有严格要求。特别是其储存需报当地公安部门备案审批，手续繁琐。
湖州复合碳源是微生物生长一类营养物，是含碳化合物。碳源是指二氧化碳气体成分从地球表面进入大气或者在大气中由其他物质经化学过程转化为二氧化碳气体成分。
凡是可以被微生物利用构成细胞代谢产物碳素来源的物质统称为碳源物质.碳源物质通过细胞内的一系列化学变化被微生物用于合成各代谢产物.微生物对碳素化合物的需求是极为广泛的根据碳素的来源不同可将碳源物质分为无机碳源物质和有机碳源物质。碳源微生物生长的必须元素，主要消耗于释磷和反 。碳源含量低，可造成出水脱氮除磷，效果较差；RS-627新型碳源1号是一种新型生物脱硝补碳产品，此产品能够到经济性、实用性和性的协调统一。
湖州糖类碳源，以面粉、蔗糖、葡萄糖为主，由于葡萄糖是简单的糖，所以目前研究比较多。当碳源充足时，以葡萄糖为碳源的 碳氮比较甲醇为碳源时高得多，为 6∶1～7∶1。碳源对硝氮的比还原速率几乎没有影响，但是对亚硝氮的比积累速率影响较大，在研究中发现只有葡萄糖作为外加碳源时对亚硝氮的比累积速率没有影响。
以葡萄糖为代表的糖类物质作为外加碳源使得脱氮效果良好，可是，糖类作为多分子化合物，容易引起细菌的大量繁殖，导致污泥膨胀，增加出水中COD的值，影响出水水质，同时，与醇类碳源相比，糖类物质更容易产生亚硝态氮积累的现象。
但其弊端有二点：
需要现场配置成溶液，劳动强度大，投加精准性差，大型污水处理厂无法使用。
工业葡萄糖含杂质多，食品葡萄糖价格贵。
湖州碳源的作用是为生物提供细胞代谢的碳框架，是一切生物得以生长、育种提供了物质基础。复合碳源是一种新型复合碳源，通过生物脱氮补碳产生，具有良好的经济性、适用性广，、纯生物制品生产和使用成本低，经济效益可观。复合碳源为棕色液体，无刺激性气味，液体呈弱酸性结构成分为有机酸醇类糖等小分子结构。根据目前的产品结构，它可以替代传统的甲醇、对醋酸铵的依赖性等降低了使用成本，产品使用范围更广，可更广泛地应用于各种城市水处理、与传统同类产品相比，工业废水处理提高了废水的脱氮能力和废水处理效率、污水处理质量提高，水体除磷效果很好目前多用于水处理行业的缺氧池、反硝化过滤等领域，同时能为厌氧反应器提供充足的碳源保障。